Representaciones de la terpenoid, atisane, 3D (centro izquierda) y 2D (derecha). En el modelo 3D de la izquierda, los átomos de carbón están representados por esferas grises; las blancas representan a los átomos de hidrógeno y los cilindros representan los enlaces. El modelo es una representación de la superficies molecular, coloreada por áreas de carga eléctrica positiva (rojo) o negativa (azul). En el modelo 3D del centro, las esferas azul claro representan átomos de carbón, las blancas de hidrógeno y los cilindros entre los átomos son los enlaces simples.

http://es.wikipedia.org/wiki/Mol%C3%A9cula

MOLECULA

DEFINICION

una molecula es un conjunto de dos o mas atomos estrechamente unidos. El "paquete" de atomos resultante se comporta en muchos sentidos como uno solo objeto distintivo, asi como un televisor que esta compuesto por muchas piezas se puede reconocer como un solo objeto

REPRESENTACION DE LAS MOLECULAS

La formula molecular de una sustacia resume su composicion pero no muestra que aspecto tiene sus moleculas. la formula de una molecula puede indicar como estan unidos sus atomos. por ejemplo, las formulas del Agua, el peroxido de hidrogeno y el metano se pueden escribir de la siguiente manera:

O H H
H H O O H C H
H H
Agua peróxido de hidrogeno metano

estas son las formulas estructurales de una sustancia muestra cuales atomos estan unidos a cuales dentro de la molecula.

Por lo regular, una formula estructural no muestra la geometria real de la molecula es decir, los angulos de union reales de los atomos. sin embargo podemos describir una formula estructural como un dibujo en perspectiva para dar una idea de la formula tridimencional.

este es un lugar donde vas a poder encontrar algunas moleculas y te podras divertir haciendolas girar para saber como es la molecula desde diferentes puntos de vista, diviertete te lo aconsejo http://www.educaplus.org/moleculas3d/inorganicas.html